Senaatti teki 13.4.1850 päätöksen Koipikankaalle rakennettavasta puukirkosta ja antoi sille määräajaksi kuusi vuotta alkaen piirustusten vahvistamisesta. Monen vuoden suunnittelun jälkeen senaatin talousosasto vahvisti kirkon piirustukset vuonna 1854. Suunnittelijana pidetään nuorta Ludvig Isak Lindqvistiä (1827 – 1894), suunnitteluun osallistui myös intendenttikonttorin päällikkö E.B. Lohrmann.
Ensimmäinen sopimus kirkon rakentamisesta tehtiin akaalaisen puuseppä Johan Grönlundin kanssa vuonna 1855. Paikkaerimielisyyksien ja katovuosien takia rakentamiselle jouduttiin anomaan lisäaikaa. Vuonna 1868 purettiin Grönlundin kanssa tehty sopimus ja työ annettiin rakennusmestari Henrik Kuorikosken tehtäväksi. Paikaksi oli määrätty Kolehmanmäki Koipikankaan sijaan. Kuorikoski muutti alkuperäisiä piirustuksia saadakseen lisätilaa kirkkoon ja aloitti työn vuonna 1869. Rakennuksen lopputarkastus pidettiin vuoden 1870 syksyllä, jolloin lääninarkkitehti C.A. Setterberg määräsi perustukset, saarnastuolin, alttarilaitteen ja sisäkaton maalauksen uusittaviksi. Kirkko otettiin käyttöön vuonna 1871. Kirkko kunnostettiin ja sinne asennettiin lämmityslaitteet vuonna 1907. Suunnitelmat teki arkkitehti Josef Stenbäck.
Pihlajaveden kirkkoon voi tutustua sopimuksen mukaan.